Nhóm bạn Nobita, Doremon, Xuka, Xeko, Chaien bị lạc nhau khi đưa chú khủng long Pisu trở về thế giới của mình. Doremon sẽ phải chiến đấu với đám khủng long hung dữ bằng những bảo bối thần kỳ để tìm lại các bạn của mình.

Trong game, Doraemon, Nobita và những người bạn sẽ phải trải qua hành trình trở lại vương quốc Babylon cổ đại huyền bí cách đây 3.500 năm TCN để tìm lại chiếc túi thần kỳ bị rơi vào tay tên trùm không gian – một thế lực đen tối muốn làm thay đổi lịch sử, phá hủy tương lai, âm mưu xâm chiếm và cai trị trái đất xinh đẹp.